Vojska Republike Srpske postojala je od 12. maja 1992. do 1. januara 2006. godine, nakon čega je integrisana u Oružane snage BiH. Nastala je uporedo sa osnivanjem Republike Srpske, a uslijed početka građanskog rata u BiH (1992-1995). Prvi komandant Vojske Republike Srpske bio je general Ratko Mladić, koji je vodio tokom cijelog rata, izdejstvovavši mnoge značajne pobjede za srpsku stranu, koje su potom bile osnova za teritorijalna razgraničenja Dejtonskim sporazumom. Ovu vojsku sačinjavali su uglavnom Srbi. Glavni cilj je bio očuvanje Republike Srpske i srpskog naroda od njenih neprijatelja: Armije Bosne i Hercegovine (de fakto vojske muslimanskog naroda), Hrvatskog vijeća odbrane, vojske Republike Hrvatske i NATO-a. Vojska Republike Srpske nije imala skoro nikakvu podršku svijeta sem pojedinih dobrovoljaca (uglavnom iz Grčke i Rusije) i jedno vrijeme SR Jugoslavije.

Nakon odbijanja Vens-Ovenovog plana za BiH 1994, tadašnji režim u SR Jugoslaviji uskratio je svaku pomoć Republici Srpskoj, u zamenu za suspenziju nekih od sankcija OUN. Izolovana i napadana sa svih strana i iz vazduha, VRS je sredinom 1995. dovedena u veoma tešku poziciju što je u krajnjem uslovilo pristanak srpskih pregovarača na teške, i neophodne, ustupke pri sklapanju Dejtonskog sporazuma krajem te godine.

Pariskim mirovnim ugovorom i Ustavom BiH i Ustavom Republike Srpske, VRS je nastavila i u posljeratnom periodu kao oružane snage Republike Srpske. Krajem ljeta 2005. u BiH je uz saglasnost oba entiteta sprovedena temeljna reforma sistema odbrane, i od 1. januara 2006. godine, Vojska Republike Srpske je ušla u sastav Oružanih snaga BiH kao njihov treći puk. Shodno tome, ukinuti su i Generalštab Vojske Republike Srpske, kao i Ministarstvo odbrane Republike Srpske. Vijest o integraciji Vojske Republike Srpske u Oružane snage BiH je izazvala burne reakcije javnosti kako u Srbiji tako i u Republici Srpskoj i masovne proteste na koje je izašlo nekoliko desetina hiljada ljudi.