Iako je stekao uslove za penziju, Halilović je odlučio da se zadrži na čelu Agencije gdje opstruiše registraciju Univerziteta u Banjaluci i Istočnom Sarajevu, iako su akreditovani i mogu da se upišu u registar akreditovanih visokoškolskih ustanova BiH.

Posljednja u nizu tužbi protiv Halilovića je od strane Agencije za akreditaciju visokoškolskih ustanova Republike Srpske i univerziteti u Banjaluci i Istočnom Sarajevu koji su predali Tužilaštvu BiH krivičnu prijavu protiv Halilovića kojeg terete za nesavjestan rad u službi i zloupotrebu položaja ili ovlašćenja i krivotvorenje isprave.

Ipak, krivične prijave i nezakonito djelovanje nije nešto što je Haliloviću strano. Još od početka njegove profesionalne karijere prate ga skandali i kontroverze.

Prof. dr. Enver Halilović, je akademski profesor od 1977. godine kada je počeo raditi na Filozofskom fakultetu Univerziteta u Prištini.

Prva afera koja je mogla predvidjeti Halilovićevu karijeru veže ga za 1991. godinu kada je stekao zvanje vanrednog profesora. Nakon toga, prema tadašnjim zakonima, Halilović je bio dužan objaviti najmanje dvije knjige, najmanje dva naučna rada, biti mentor pri izradi doktorata ili magistarskog rada najmanje jednom kandidatu.

Od niza obaveza koje je Halilović imao, on nije ispunio NIJEDNU.

Kako je stigao do zvanja vanrednog profesora, tako je stigao i do zvanja redovnog profesora. 

Halilović nije bio mentor niti jednom kandidatu, niti je rukovodio projektima, što su jedni od preduslova za izbor u zvanje redovnog profesora.

Ova afera na vidjelo izlazi 2012. godine je jedna anonimna prijava stigla u instituciju Komisije za korupciju Vlade Tuzlanskog kantona i izazvala pravu pometnju. Glavni akter, naravno Halilović uz ministra obrazovanja Mirzetu Suljkić-Hadžić i Denisa Bećirovića, potpredsjednika SDP-a BiH i zamjenika predsjedavajućeg Predstavničkog doma PS BiH.

U prijavi stoji kako je falsifikovan izbor rektora Halilovića u zvanje redovnog profesora

Da nije bilo riječ o samoj nevažnoj anonimnoj prijavi govori i činjenica da je prijava protokolisana, a njen sadržaj je postao dijelom dnevnog reda Komisije. Kada se za nju saznalo u naučno-političkim krugovima nastala je prava panika, a navode iz prijave pokušalo se na sve moguće načine zataškati, pratila je to tada Slobodna Bosna.

Uspon uz SDA

Kada je počeo rat u BiH, Halilović postaje član SDA. Uselio se u napušteni stan i naredio promjenu imena osnovnih škola u Tuzli. SDA ga je kasnije nagradila foteljom ministra kulture Tuzlanskog kantona, a kasnije i dužnošću dekana Filozofskog fakulteta gdje je sam sebe unaprijedio u zvanje redovnog profesora.

Sporno poslovanje Envera Halilovića počinje još 1996. godine kada je sam sebe imenovao za redovnog profesora. Tada su istaknuti profesori od Tužilaštva Tuzlanskog kantona zatražili da protiv Halilovića otvori istragu zbog zloupotrebe položaja. Međutim, nakon višemjesečnih provjera Tužilaštvo je odbacilo slučaj. Ali ne zbog nedostatka dostatka, nego zbog toga što je slučaj zastario. 

“Za taj njegov kriminalni akt, koji je napravio 1996. godine, rečeno je da je to apsolutno zastarjelo. On ne zaslužuje da bude docent”, govorio je tada dr. sc. Feriz Adrović sa PMF-a Tuzla.

Siguran drugi uzastopni mandat Halilović je osigurao ispunjavanjem želja velikih političkih stranaka. Tada ga je profesor sa tuzlanskog univerziteta Azem Kožar optužio za političku korupciju, pisao je NKP.

 Sukob sa gradonačelnikom Tuzle

Halilovićevoj svojevolji suprotstavio se gradonačelnik Tuzle, Jasmin Imamović 2007. godine kada su Halilović i SDA napadali UKUD "Zvonko Cerić" u cilju deložacije. Tada je Halilovića gradonačelnik Tuzle optužio da je opsjednut vlastitom moći, da prijeti građanima i da će im, ukoliko ne budu glasali po njegovoj volji i ukusu, on i njegova bratija promijeniti ime Tuzle.

Halilovića je SDA vodila na političke visine ministra, ambasadora i rektora, pa ga, sada postavila i za direktora državne Agencije za visoko obrazovanje. Ne znam šta je dobro za BiH i Tuzlu uradio sa tih visina. Ako jeste, neka nam to kaže", rekao je tada Imamović.

Diplomatski promašaj

Skandalozno je bilo i Halilovićevo bavljenje diplomatijom. Njegov rad kao ambasadora BiH u Moskvi, Slobodna Dalmacija je slikovito objasnila da je rad ambasade "sveo na 19. vijek".

Halilović je 2010. godine pod sumnjivim okolnostima došao na mjesto rektora tuzlanskog univerziteta. Tada je dobio natpolovičnu podršku.

Sumnjivo bogaćenje

Kontroverzni rektor ponovo u javnost dospjeva 2015. godine novom aferom. Tada su profesori tuzlanskog univerziteta digli glas protiv katastrofalnog poslovanja Univerziteta u Tuzli, optužujući rektora Halilovića da se na sumnjiv način obogatio.

"On ima silne nekretnine širom Balkana. Treba ispitati porijeklo tih nekretnina. Pričaju da ima stanova u Baru, Sarajevu, na Vlašiću. Imamo informacije da je on silne pare zaradio na putne naloge, svaki čas ide u Ameriku, u daleke destinacije i tako nameće novac za sebe", rekao je tada za NKP.ba dr. sc. Feriz Adrović, s PMF-a Tuzla.

Nova godina, nova afera

Odmah sljedeće godine, 2016. nova afera potresla je Univerzitet u Tuzli. Zbog neregularnosti u poslovanju, prijavljen je nedostatak velike sume novca u kasi. Zbog ovoga se u istragu uključilo Tužilaštvo Tuzlanskog kantona koje je provjeravalo štetne ugovore i novac koji je nestao iz budžetske kase Univerziteta.

Prazna kasa ponovo vodi do rektora Halilovića, koji u tom trenutku obavlja funkciju direktora Agencije za razvoj visokog obrazovanja i osiguranje kvaliteta BiH.

Kada se pojavila ova afera, Halilović je odbacio mogućnost da su ugovori potpisivani retroaktivno, kako su kasnije utvrdili i federalni revizori. 

"Ugovore radi fakultet, odnosno, dekan sa svojom pravnom službom na fakultet. Onog momenat kada su ti ugovori došli sa fakulteta oni su i protokolisani. Ne radi se ni o kakvom naknadnom potpisivanju", tvrdio je 2015. FTV-u Halilović.

Čak su i ugovori za mentorstva i rad u komisijama u iznosu od 825.000 maraka potpisani retroaktivno. Pojedini privilegovani kandidati za magistarske i doktorske radove bili su na sumnjiv način oslobađani plaćanja troškova studija, što je, također, pod lupom Tužilaštva, pisao je Vidiportal 2016. godine.

Halilovićevim aferama bavila se i televizija OBN u emisiji Vox Populi.